故事紧接前作,兔朱迪与狐尼克已成为警局正式搭档,但一周的共事并不如想象中顺利。因卧底任务失败产生分歧,二人被牛局长强制安排接受"危机搭档"心理治疗。
就在这时,一条名为蛇盖瑞的毒蛇突然现身动物城,牵出了一桩围绕神秘历史古籍失窃案的阴谋。幕后黑手正煽动哺乳动物与爬行动物之间的对立。
狐尼克和兔朱迪在追捕过程中发现盖瑞可能并非真正反派,于是选择帮助他逃脱——自己却因此沦为全城通缉的逃犯。在逃亡途中,他们遇到了北极鼩鼱犯罪家族、拜访了爬行动物专家尼布尔斯,逐步揭开动物城深藏的秘密。
这部迪士尼动画续作将矛盾从第一部的"食草/食肉动物对立"升级为更复杂的族群议题,同时深入探讨搭档关系中的信任与价值观冲突。